Сюжет

Предыстория

С того дня, как Артём, запустив ракеты, уничтожил улей «Чёрных», прошло пару месяцев, и на поверхности наступила весна. Отряд «Спарта» переехал в Д6. Хан, тайком пробравшись туда и оказавшись рядом с Артёмом, сообщает ему, что сумел всё-таки обнаружить ещё одного Чёрного, ещё детёныша, и, полагая, что действия Артёма глубоко ошибочны, призывает Артёма спасти того. Но у Мельника на этот счёт своё мнение — он арестовывает Хана, не веря ему, отправляет вместе с Артёмом свою дочь Анну и приказывает им уничтожить «Чёрного». Когда им удаётся обнаружить его, тот вызывает у Артёма галлюцинации(воспоминания) — на время, достаточное, чтобы обоих обнаружили и взяли в плен солдаты Рейха. Анна же, струсив, оставляет напарника.

Побег и поиски Чёрного

В плену Артёму вместе с пленником, разведчиком с Красной Линии(также захваченном около «Ботанического Сада», по имени Павел Морозов удаётся уничтожить часть стражи и убежать, попутно узнав, что «чёрный» в руках Рейха. На «Театральной» Павел, оказавшийся майором, сдаёт Артёма генералу красных Корбуту, на которого работает Лесницкий — бывший боец Ордена («Спарта»), оказавшийся красным шпионом. От красных Артёму помогает сбежать сын генерального секретаря Москвина, не разделяющий жестокость отца. По пути Артём узнаёт о намерении красных захватить всё метро с помощью подготовленной армии и оружия, хранящегося на складах Д6. По пути Андрей «Мастер» даёт ему моторизованную бронедрезину, на которой тот сквозь разброшенные туннели доезжает до «Третьяковской» (называемой Венецией из-за затопления большей части станции), а оттуда добирается до «Октябрьской», так как знает, что Павел направляется туда. На «Третьяковской» он едва не ловит Павла, но тому удаётся сбежать.

Идя к «Октябрьской» по заболоченной поверхности, Артём в конце концов приходит к старому форпосту Спарты, где его с рейнджерами ждёт Анна, но пришедший Лесницкий убивает всех и забирает Анну в заложники. Попав через древние церковные катакомбы на «Октябрьскую», Артём видит, что красные, заразив станцию вирусом, под предлогом карантина уничтожают её население. Там Артём спасает Анну, но Лесницкий вновь скрывается. Успешно пройдя карантин Ганзы, Артём вновь встречается с Ханом, после чего отправляется с ним искать чёрного.

При помощи мистической «Реки Судьбы» Артём и Хан оказываются в нужное время и в нужном месте, чтобы успеть перехватить поезд с Чёрным. В итоге поезд терпит крушение, а Чёрный показывает Артёму, что тот ошибался, позволив разрушить городище чёрных в 2033-м году. После этого Артём отправляется вместе с Чёрным в поход по поверхности, во время которого чёрный помогает Артёму своими телепатическими способностями, достаёт ему полезные вещи и пытается постичь мир людей.

Оборона D-6

На поверхности Артём вновь пересекается с Лесницким, видя при помощи телепатии Чёрного его намерения — уничтожить Спарту на Д6 с помощью боевого вируса, испытанного на Октябрьской, — после чего игроку даётся выбор: убить Лесницкого ударом ножа или оглушить. Затем Артём спешит в Кремль, чтобы как можно скорее передать новости своим. На Красной площади Артём попадает в устроенную Павлом засаду, но отбивается и в итоге добирается до предателя. Здесь игроку опять предоставляется выбор — убить его или пощадить. Второй вариант, как и в прошлом случае, даёт бонус к хорошей концовке.

В Полисе Чёрный показывает Артёму и Хану, что за одной из запертых дверей Д6 спят ещё чёрные, — детёныш не последний из них. В Полисе Мельник, Хан, Артём и Чёрный, принявший форму ребёнка в глухом плаще, уличают Москвина, выступающего с заверениями в мире и дружбе, во лжи. Артём видит, что и Москвин лишь пешка в игре «серого кардинала» Корбута.

Поскольку красные уже собираются брать Д6 штурмом, Полис немедленно отправляет туда лучших людей. В Д6 Артём, Хан, Мельник, Ульман и воины «Спарты» принимают последний бой. Мельник говорит Артёму, что комплекс заминирован и в случае чего достаточно повернуть рубильник. Внезапно на платформу, прямо на последний рубеж обороны, влетает бронепоезд. Артём теряет сознание. Очнувшись, он видит, что Мельнику оторвало ноги, а вокруг красные. Подходит Корбут и торжествующе оглядывает искалеченного Мельника, и тогда тот говорит Артёму про пульт подрыва. Пока ни о чём не догадывающийся Корбут не торопясь подходит к Артёму, тот подползает к пульту и кладёт руку на рубильник.

Концовки

Взрыв

Артём, понимая неизбежное, поворачивает рубильник и закрывает глаза. В последние секунды своей жизни он видит, как проходит через стоящий навытяжку строй бойцов Спарты, в едином порыве вскинувших руки к шлемам в знак почёта. В конце строя — Бурбон, Мельник, Хан, Ульман и… Хантер. А дальше, в конце тоннеля, — только ослепительный свет. В то же время перед глазами Артёма проносятся самые памятные мгновения жизни — Аня, поход в детстве на поверхность, последняя поездка в метро и слова матери в Ботаническом саду:

Не бойся… Ничего не бойся, мой милый…

Взрыв уничтожает Д6, захваченное красными. …Проходит несколько лет. Анна рассказывает сыну о подвиге отца.

...Так твой папа победил врагов и спас метро. — Папа был храбрый? — Он был самый храбрый. Потому что не боялся неизвестного. — Мама, а куда делись Чёрные? — Они ушли, но обещали вернуться.

Показывается уход Чёрных из метро.

Помощь чёрных

При условии, что игрок помогал мирным жителям, не убивал людей и мутантов, когда можно было обойтись без этого, и пощадил Павла и Лесницкого, в последний момент Чёрный, приведший подмогу, останавливает Артёма:

Артём, уже не нужно...

Чёрные побеждают коммунистов. Артём рассказывает о последующих событиях:

Ульман погиб… как и большинство спартанцев. Мельник выжил и теперь возрождает охрану Полиса с кресла-каталки. А Хан — просто исчез. Как-то он сказал мне: «А что, если этот маленький Чёрный — последний из ангелов, посланных, чтобы спасти нас? То, что Чёрный вернулся и привёл с собой своих… Может, это и есть помилование. Мне. Ордену. И всем нам, забившимся в Метро. Луч надежды в нашем беспросветном царстве…»

Чёрные покидают метро. Чёрный, уводя своих, говорит Артёму:

Мы уйдем, Артём... Так будет лучше всем... Но наступит день и мы вернёмся. Я уже тоже буду большой. Прощай... ДРУГ.

Предпосылки к концовке

Узнать о том, какая будет концовка, можно в момент отправления из Полиса в Д6. Чёрный произносит фразу:

Если вы проиграете, то будет плохо для всех?..

Фразу он завершит одним из двух способов, от которых собственно концовка и зависит.

Тогда я попрошу их помочь.

либо:

Тогда я должен спасти своих.

Персонажи

Персонажи, выжившие к концу сюжета

• Артём — главный герой игры и книги. Его голос слышен в загрузках, в самой же игре он почти не разговаривает, только в своих воспоминаниях Артема о детстве. Если Чёрные помогли спартанцам, выживает и рассказывает о дальнейших событиях, в противном случае погибает, забрав с собой всех комунистов.
• Андрей «Кузнец» — друг Хана. Второй раз спас Артёма при побеге с Красной линии.
• Хан — загадочный человек. В хорошей концовке он пропадает без вести, а в плохой концовке погибает вместе с Артёмом и Спартой при взрыве Д6.
• Мельник — друг Хантера, отец Анны. При взрыве поезда он потерял части ног. Если Чёрный приходит на помощь, то выживает и продолжает жить в инвалидной коляске, если же нет, то погибает вместе со всеми.
• Анна — снайпер Спарты, дочь Мельника, в ходе сюжета стала девушкой Артёма. Если Артём погиб в последнем сражении, рассказывает о нём сыну в концовке.
• Чёрный — детёныш «чёрных», спасся после взрыва Улья, позже захвачен Рейхом, затем «Ганзой», в итоге спасён Артёмом. От его выбора зависит концовка. Независимо от финала, уводит «чёрных» под предлогом того, что так будет лучше.
• Леонид Москвин — сын генсека красной линии. Не разделяет жестокие взгляды отца. Помогает Артему сбежать из плена красных. Дальнейшая судьба раскрывается в книге «Метро 2034».
• Семён — инженер на станции «Венеция», ненавидящий бандитов. Помогает Артёму выбраться на поверхность после уничтожения бандитов на складе станции.
• Фёдор — рыбак, спасший Артёма от упырей и креветок, привёзший его в Венецию.

Персонажи, которые погибают

• Чеслав Корбут — главный антагонист игры и командующий разведки красных. Посредством манипуляций и шантажа Москвина добился власти. Руководил планом по внедрению шпиона Лесницкого в орден Спарта на секретный объект Д6 под видом учёного с целью похищения вируса. В плохой концовке погибает вместе с Артёмом при взрыве Д6. В хорошей концовке погибает от рук маленького «чёрного».
• Ульман — прославленный боец Спарты. В отличие от предыдущей части, играет менее значимую роль и появляется лишь пару раз за игру. Погибнет при обороне Д6, в обоих вариантах концовок.
• Андрей Москвин — брат Максима Москвина, бывший генсек красной линии. Был отравлен Максимом после того, как Корбут оклеветал Андрея в предательстве. В игре появляется только в тот момент, когда Артём копается в голове Максима.

Персонажи, дальнейшая судьба которых неизвестна

• Павел Морозов — офицер Красной линии (майор), был в плену у Рейха, обманом взял «языка» — Артёма. По выбору игрока может умереть от отравления заражённым воздухом или получить шанс выжить — Артём поделится с ним фильтром для противогаза, и тогда, если верить маленькому чёрному, «он выживет».
• Лесницкий — офицер Красной линии, бывший солдат Спарты. Выполнял план по похищению с секретного объекта Д6 биологического оружия (из разговоров на уровне «Карантин» можно понять, что это боевой штамм вируса Эбола). По выбору игрока может быть оглушён или убит.
• Максим Москвин — генеральный секретарь Красной линии. По совету Корбута отравил своего брата — предыдущего генсека — и стал во главе Красной линии вместо него, однако из-за шантажа со стороны Корбута вынужден выполнять его указания. В предпоследней главе, во время своей речи на мирных переговорах Спарты, Рейха и Красных под воздействием маленького «чёрного» признался в убийстве брата и выдал планы Корбута. Дальнейшая судьба неизвестна. Вероятно, судя по реакции людей на его признание, был лишён своего поста.